在复杂肿瘤组织研究中单看细胞比例往往很难解释组织微环境的真实状态。弥漫性大B细胞淋巴瘤DLBCL并不是均一的肿瘤细胞集合而是由肿瘤B细胞、T细胞、髓系细胞、浆细胞、基质细胞和血管相关细胞共同组成的空间生态系统。CosMx空间转录组可以帮助研究者在组织原位看到基因表达的空间分布PCF类空间蛋白组技术则可以进一步观察蛋白标志物、细胞身份、功能状态和细胞邻近关系。二者联合使用适合把DLBCL研究从“有哪些细胞”推进到“这些细胞在组织中如何组织在一起”。近期《Nature Genetics》发表了“Multi-modal spatial characterization of tumor immune microenvironments identifies targetable inflammatory niches in diffuse large B cell lymphoma”该文献采用了典型的PCFCODEX与CosMx联合路线。研究者将78例大B细胞淋巴瘤样本和5个对照组织制成组织芯片使用NanoString CosMx 1K空间转录组进行单细胞分辨率的空间转录分析同时使用31抗体PCFCODEX空间蛋白组进行组织原位蛋白观察并结合基因组信息分析肿瘤免疫微环境结构。CosMx在质控后保留超过132万高质量细胞用于细胞分型、空间邻域和细胞间通讯分析PCFCODEX则作为空间蛋白层面的正交观察帮助确认主要细胞谱系和组织结构异质性。PCFCODEX与CosMx联合的第一层价值是实现“转录分辨率”和“蛋白可视化”的互补。文献中CosMx定义了B细胞、T细胞、髓系细胞、基质细胞等主要谱系并进一步识别19种细胞类型和状态包括肿瘤B细胞、浆细胞、T细胞、APOEC1Q TAM、SPP1 TAM、FRC和高内皮微静脉等。PCFCODEX则通过CD20、CD3e、CD4、CD8、CD68、CD206、Ki67、Granzyme B、PD-1、PD-L1等蛋白标志物从组织图像层面观察这些细胞是否在同一局部区域出现是否形成T细胞富集区、髓系富集区或肿瘤B细胞致密区。第二层价值是让“细胞邻域”分析更具解释力。研究者基于CosMx构建了7类空间细胞生态位包括T细胞富集生态位、浆细胞生态位、髓系生态位、基质生态位、肿瘤B细胞生态位、弥散型生态位和混合生态位。空间转录组能够在这些生态位中分析趋化因子、免疫检查点、抗原呈递、细胞周期和细胞毒性相关基因PCFCODEX则可以进一步观察蛋白层面是否存在T细胞浸润、Granzyme B表达、Ki67增殖、PD-1/PD-L1相邻等组织原位特征。二者结合后研究者不仅能看到空间结构还能从转录和蛋白两个层面理解局部微环境。因此PCF与CosMx联合并不是简单增加一个检测项目而是形成更完整的空间组学观察框架。CosMx擅长发现细胞状态、转录通路和细胞间通讯线索PCF擅长在组织原位观察蛋白表达、细胞功能状态和空间邻近关系。对于DLBCL、实体瘤、炎症组织和免疫微环境研究这种组合可用于建立“空间表达图谱—蛋白层观察—组织生态位解释—机制假设生成”的科研思路。【说明】本文仅为科研技术方法介绍不涉及疾病诊断、治疗建议、疗效预测、用药指导或临床决策。文中提及研究发现均来自学术文献相关分析结果需结合更多实验和研究进一步观察与复核不构成任何医疗意见。【参考文献】Dai Y, Kizhakeyil A, Chihara D, Li X, Liu Y, Sainz Zuniga TP, Wilson A, Henderson J, Vibe D, Petrosyants A, Jacobson C, Sarachakov A, Nomie K, Kryukov K, Bagaev A, Chauhan A, Westin JR, Flowers CR, Vega F, Wang L, Green MR. Multi-modal spatial characterization of tumor immune microenvironments identifies targetable inflammatory niches in diffuse large B cell lymphoma. Nat Genet. 2025 Nov;57(11):2715-2727. doi: 10.1038/s41588-025-02353-5. Epub 2025 Oct 21. PMID: 41120574; PMCID: PMC12597830.
